Вероятнее всего, сказались погодные условия мая, когда были заморозки. Какие-то цветки успели опылиться до них, и плоды созрели раньше, а какие-то опылились позже из-за того, что была холодная погода.
И потому распустились цветки не одновременно и опылились соответственно, а также вступили в плодоношение не в одно время. Причина кроется только в погодных условиях, а не в болезни яблони.